Finderから同期した写真とビデオは削除されます。

WindowPCにある写真（フォルダー）を、iTunesでiPhoneに同期しました。

iPhoneの写真アプリに表示されます。

 この状態で、iCloudに同期しようとすると、次のメーセージが表示されます。

Finder（Macのアプリ）と表示されますが、iTunesでも同じ表示です。

「写真とビデオを削除」をタップするとPCと同期されていた写真は表示されなくなり、iCloudと同期されます。（PCの写真は削除されません）

iTunesとiCloudは同時に同期できません。

iPhoneでGoogleフォトと同期しバックアップしてみました。
iTunesで同期した写真はバックアップされませんのでご注意下さい。

同期された写真は、iPhone側では削除できません。